丛林制度，最初只有方丈、法堂、僧堂和寮舍。以住持为一众之主，非高其位则其道不严，故尊为长老，居于方丈。不立佛殿，唯建法堂（后世乃立佛殿）。所集禅众无论多少，尽入僧堂，依受戒先后腊次安排。行普请法（集体劳动），无论上下，均令参加生产劳动以自给。又置十务（十职），谓之寮舍；每舍任用首领一人，管理多人事务，令各司其局（《景德传灯录》卷六《禅门规式》）。

在这以前寺院的首脑为三纲：即上座、寺主、维那（或称都维那），都是领导大众维持纲纪的职僧。上座以年德俱高，都是朝廷任命。如姚秦、元魏，常有命令补上座。唐道宣亦曾被命为西明寺上座，其位居寺主、维那之上。寺主知一寺之事。如后周陟岵寺、隋大兴善寺等，皆有寺主。维那意为次第，谓知僧事之次第，或称为悦众；但后世常以悦众为维那之副，其职有数人，以大、二、三、四等别之（《百丈清规证义记》卷六）。

至于丛林古规的职事，则有首座、殿主、藏主、庄主、典座、维那、监院、侍者等名目。如黄檗希运在池州南泉寺为首座、遵布衲为湖南药山殿主、雪窦重显为南岳福严寺藏主、南泉普愿于庄上为庄主、沩山灵祐在江西百丈山为典座、克宾于河北魏府（今大名县）兴化寺为维那、玄则在法眼会下为监院（见元道泰《禅林类聚》第九）、兴化存奖为临济义玄侍者等。

后世丛林组织日渐庞大，各寺家风不同，为住持者多因时制宜、自立职事，名目层出不穷。宋宗赜《禅苑清规》的序文说：‘庄严佛社，建立法幢，佛事门中，阙一不可。岂立法之贵繁，盖随机而设教’。在《禅苑清规》所载丛林职事名目即有二十三种。宗赜还撰了一篇《龟镜文》（贰咸《禅林备用清规》卷七称之为《百丈龟镜文》），概括地说明设立各种职事的必要。文云：

丛林之设要之本为众僧，是以开示众僧故有长老，表仪众僧故有首座，荷负众僧故有监院，调和众僧故有维那，供养众僧故有典座，为众僧作务故有直岁，为众僧出纳故有库头，为众僧主典翰墨故有书状，为众僧守护圣教故有藏主，为众僧迎待故有知客，为众僧召请故有侍者，为众僧看守衣钵故有寮主，为众僧供侍汤药故有堂主，为众僧洗濯故有浴主，为众僧御寒故有炭头，为众僧乞丐故有街坊化主，为众僧执劳故有园头、磨头、庄主，为众僧涤除故有净头，为众僧给侍故有净人’（《禅苑清规》卷八）。

以上制度，自宋以来通行甚久，少有更改。至于今日可行的，则根据元代《敕修百丈清规》更有增益，且分成东西两序。东序序职（资格）有都监、监院等二十一员，列职（实职）有化主、库头等二十六员；西序序职有首座、西堂等十二员，列职有殿主、寮元等二十一员。细分职别可达八十种，可谓繁杂（见清仪润《百丈清规证义记》）。

丛林职事人员之多寡，各依其规模建制大小而定。方丈为禅林正寝、住持所居之处，故称寺主为方丈，他为全寺诸堂之头，故又称堂头和尚。至西序的重要职员，则为首座（即古之上座）、西堂、后堂、堂主、书记、知藏、藏主、知客、寮元（云水堂首领）等。东序为监院（即古之寺主，俗称当家）、副寺（即知库）、维那、悦众、侍者、庄主等，是一般丛林所常设的。此外，列职各专一务者，还有饭头、菜头、火头、水头、碗头（通称行堂）、钟头、鼓头、门头、园头、浴头（亦称知浴）、圊头（即净头）、塔头（亦称塔主）、树头（巡视山林、栽补树木）、柴头、磨头、茶头、炭头、炉头、锅头、桶头、灯头、巡山、夜巡、香灯、司水（禅堂专任）、照客、听用等。以上各种职事名称，以等级分，可统称为知事人员（一级）、主事人员（二级）和头事人员（三级）。规模较小的丛林，即以主事兼知事。规模较大的丛林，则有很完备的组织。方丈之下有库房、客堂、维那寮、衣钵寮四个机构（通称四堂口），是为丛林的基本组织，重要寺务由住持会同首座等班首与四堂口首领共议进行。此外有首座寮以处上座名宿，有侍者寮以处初学新参，有行者寮以处杂务行者和童行，有众寮（云水堂）以临时接待过往禅衲。又有蒙堂以处知事职僧以上退职人员，有单寮以处副寺以下退职人员，有延寿堂以处老病僧人，有庄田以供禅众从事生产。各堂又各立规约以资遵守。

现今丛林，以其住持传承的方式不同，又可分为子孙的与十方的两类。本来从宋代起，丛林即有甲乙徒弟院、十方住持院、敕差住持院三种之分。甲乙徒弟院，是由自己所度的弟子轮流住持甲乙而传者，略称为甲乙院。十方住持院系公请诸方名宿住持，略称为十方院。敕差住持院，是由朝廷给牒任命住持者，略称为给碟院。甲乙院住持是一种师资相承的世袭制，故又称为剃度丛林或子孙丛林。十方住持院由官吏监督的选举，故称为十方丛林。后世即大体沿用其制度，无大变动（现无其第三种）。

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